Monthly Archives: January 2020

Інструмент спостереження за короновірусом

Цільове секвенування наступного покоління, NGS збагачення, досліджується як інструмент спостереження за короновірусом.

By Samantha Black, PhD, The Science Advisory Board staff writer

29 січня 2020 р. – У час, коли короновірусна інфекція продовжує поширюватися і зростати як глобальна проблема охорони здоров’я, дослідники терміново шукають ефективні методи прогнозування та зменшити шкідливість нових штамів коронавірусу. Міжнародна команда дослідників вважає, що цільове секвенування наступного покоління (ЦСНП, targeted next-generation sequencing, NGS) може бути цінним інструментом для моніторингу як поточних, так і майбутніх спалахів коронавірусу. Дослідження було опубліковане в mSphere 29 січня.
Коронавіруси, які походять від кажанів, вже викликали дві пандемії в минулому столітті, включаючи короновірус з важким гострим респіраторним синдромом (SARS) та близькосхідний короновірус респіраторного синдрому (MERS). Найновіший спалах коронавірусу під назвою 2019-nCoV наприкінці 2019 року викликав епідемію в місті Ухань, Китай, і тепер поширився на інші країни, причому у США перший документований випадок зафіксований 21 січня.
Одним із інструментів контролю за поширенням коронавірусів є секвенування наступного покоління. У поточному дослідженні вчені шукали, чи потрібно секвенування повного геному для характеристики короновірусу, особливо вірусів, які походять від кажанів. Їх метою було розробити ефективну та економічну процедуру для виявлення та характеристики коронавірусу кажана для його подальшого спостереження.
Дослідники використовували нову стратегію NGS під назвою збагачення, в якій NGS збагачується зондами, також відомими як принади, якими є невеликі шматочки генетичного матеріалу, які зв’язуються з вірусною ДНК. Принади були сконструйовані з 90 репрезентативних генів короновірусу.
Дослідники встановили, що збагачення NGS не тільки зменшує кількість даних, що потребують аналізу, але також може забезпечити повноцінне покриття геному як в лабораторних, так і в клінічних зразках. У ході дослідження приблизна вартість за збагачення за новою методологією становила лише 60 доларів і додатково може бути знижена за допомогою мультиплексування.
У контексті наглядових досліджень цілеспрямоване збагачення є цінним інструментом для триажування (сортування) зразків для подальшої обробки. Одне обмеження цього NGS методу збагачення полягає в тому, що він призначений лише для ідентифікації відомих коронавірусів. Тому автори вважають, що для ефективності бібліотеку принад потрібно буде часто оновлювати.

“Коронавіруси, особливо ті, що переносяться кажанами, залишаються значним суттєвим джерелом виникнення інфекційних захворювань”, – заявила у своїй заяві Лін-Фа Ванг, доктор наук, директор програми “Новітні інфекційні захворювання” в Duke-NUS Medical School в Сінгапурі.
У часи, коли не має спалахів, дослідники можуть створювати сучасні банки зразків, пов’язаних з відомими формами коронавірусів. Під час спалахів вони можуть використовувати цю інформацію для відстеження еволюції вірусів та спостерігати, (і, ймовірно, контролювати) поширення інфекцій у популяціях тварин та навіть людини.

Discovery of Bat Coronaviruses through Surveillance and Probe Capture-Based Next-Generation Sequencing. Bei Li, Hao-Rui Si, Yan Zhu, Xing-Lou Yang, Danielle E. Anderson, Zheng-Li Shi, Lin-Fa Wang, Peng Zhou. DOI: 10.1128/mSphere.00807-19
Джерело:   The Science Advisory Board
Переклад та Дизайн :  Майстерний  Хімік ©2020